برخی از مستحبات نماز آیات عبارت‌اند از:

خواندن قنوت پیش از رکوع دوم، چهارم، ششم، هشتم و دهم.
اعمالی که در نمازهای یومیه مستحب است، در نماز آیات هم مستحب است؛ البته در نماز آیات مستحب است به جای اذان و اقامه، سه بار «الصلاة» گفته شود.
گفتن تکبیر پس از هر رکوع، به جز رکوع پنجم در هر رکعت.

خواندن نماز به جماعت،بلند خواندن آن و خواندن سوره‌های طولانی از دیگر مستحبات نماز آيات است.